用戶程序通過編程器順序輸入到用戶存儲器，CPU對用戶程序循環掃描并順序執行，這是三菱PLC的基本工作過程。
當
三菱PLC運行時，用戶程序中有眾多的操作需要去執行，但是CPU是不能同時去執行多個操作的，它只能按分時操作原理，每一時刻執行一個操作。但由于CPU運算處理速度很高，使得外部出現的結果從宏觀來看似乎是同時完成的。這種分時操作的過程，稱為CPU對程序的掃描（CPU處理執行每條指令的平均時間：小型PLC如OMRON-P系列為10μs、中型PLC如FANUC-PLC-B為7μs）。
三菱PLC接通電源并開始運行后，立即開始進行自診斷，自診斷時間的長短隨用戶程序的長短而變化。自診斷通過后，CPU就對用戶程序進行掃描。掃描從0000H地址所存的第一條用戶程序開始，順序進行，直到用戶程序占有的最后一個地址為止，形成一個掃描循環，周而復始。順序掃描的工作方式簡單直觀，它簡化了程序的設計，并為PLC的可靠運行提供了保證。一方面所掃描到的指令被執行后，其結果馬上就可以被將要掃描到的指令所利用。另一方面還可以通過CPU設置掃描時間監視定時器來監視每次掃描是否超過規定的時間，從而避免由于CPU內部故障使程序執行進入死循環而造成的故障。
